Du scheinst seit Kurzem sämtliche Seiten mit www auf ohne www umzuleiten. Das wird von Google zum Teil auch schon erkannt und Google zeigt dir die Treffer nur, wenn du bei der site:-Abfrage das "
www." weg lässt.
Ich würde dir auch empfehlen nie direkt auf die index.php zu verlinken. Die Startseite ist schließlich auch direkt unter ...de/ erreichbar. Daher würde ich alle Links zur Startseite von "index.php" auf "./" ändern.